วันที่ 16 มิถุนายน ค.ศ. 1944 เวลา 19:30 นาฬิกา สตินนีย์ถูกประหารที่เรือนจำเซาท์แคโรไลนา (South Carolina Penitentiary)[10]

เนื่องจากเขาสูงเพียง 155 เซนติเมตร และหนักเพียง 40 กิโลกรัมเศษ[14] ซึ่งนับว่าตัวเล็กมากเมื่อเทียบกับนักโทษผู้ใหญ่โดยทั่วไป เจ้าพนักงานจึงผูกเขาติดกับเก้าอี้ประหารอย่างยากลำบาก นอกจากนี้ หน้ากากประหารที่ทำไว้สำหรับผู้ใหญ่ก็หลวมเกินไปสำหรับเขา เมื่อเขาถูกไฟฟ้า 2,400 โวลต์ช็อตเป็นรอบแรก หน้ากากจึงร่วงตกลงมา[15] สี่นาทีหลังจากการปล่อยกระแสไฟฟ้ารอบแรก เจ้าพนักงานก็แถลงว่า เขาเสียชีวิตแล้ว ตั้งแต่เกิดเหตุฆาตกรรมจนถึงประหารเขานับเป็นเวลาได้ 83 วัน[10]